Nella parte meridionale del Golfo di Olbia si estende un complesso di specchi d'acqua comunicanti con il mare, pertanto definibili "lagune". Nella zona compresa tra Olbia e la costa è ubicato il complesso delta del Rio Padrongianu, che forma una serie di specchi d'acqua denominati stagno di Cabrile, con una superficie di circa 30 ettari. Questi specchi d'acqua generano uno scenario che caratterizza comunemente gli stagni delle zone granitiche: delimitati da promontori e costellati da massi arrotondati che affiorano nelle acque più basse. Più a oriente si stende una serie di stagni denominati Le Saline, Tartanelle e Peschiera, che coprono un'estensione di circa 120 ettari. La loro origine è individuata nella presenza, nei tempi antichi, del rio Castangia, che nei secoli è divenuto semplice immissario del fiume Padrongianu. Questi stagni sono frequentati da gabbiani comuni e reali, cormorani, limicoli, anatidi nelle stagioni invernali e cavalieri d'Italia in quelle estive. Merita una particolare attenzione lo stagno de Le Saline, poiché è la sede in cui vengono effettuate le operazioni periodiche di stabulazione dei mitili provenienti dalle zone umide più interne del golfo olbiese, con la finalità di garantirne la eliminazione di sostanze inquinanti e la conseguente sicurezza per la salute di quanti amano assaporarli. Le zone umide più interne del Golfo di Olbia sono appunto utilizzate come impianti di molluschicoltura della Sardegna, con un'altissima produzione di cozze, arselle, tafuri e murici.