Il museo è ospitato a Martis, nel presbiterio della chiesa di San Giovanni, risalente al XVII secolo, situata nel cuore del piccolo centro anglonese.

Il percorso ha inizio all'interno della chiesa. Data la valenza territoriale del museo, in esso è stata allestita la Sala dei Comuni che ospita una mostra fotografica permanente sui venti comuni del consorzio ed i loro principali beni culturali e paesaggistici, il tutto completato da pannelli didascalici. Questo spazio vuole offrire al visitatore l'occasione per conoscere il territorio nel suo complesso e le importanti emergenze culturali e naturalistiche degne di essere visitate di persona. Vi sono esposti paramenti sacri dal XVI al XVIII secolo, di produzione romana e sarda. una interessante dotazione di argenti sacri e piastre confraternali (secoli XVIII-XIX, bottega sassarese degli Alfani, altri argentieri sardi e locali). alcune statue lignee, San Francesco d'Assisi (XVII secolo, bottega sarda), San Giuseppe (XVII secolo, intagliatore sardo), e, di particolare rilevanza, una "Dormitio Virginis" del XVI secolo.

Le tele di scuola manierista costituiscono il cuore della collezione. Tra queste risaltano la Nascita di Gesù, di cui non è stato ancora individuato l'autore, e il Miracolo di San Pantaleo, del 1595, una delle poche opere rimasteci del noto pittore ogliastrino Andrea Lusso. Notevole anche la Natività, della prima metà del XVIII secolo, che rientra a pieno titolo nel barocco piemontese. Un secondo filone espositivo è dedicato ai riti della Settimana Santa nella tradizione popolare di Martis, espressi nel prezioso crocifisso del XV secolo, e nella costumistica dei confratelli di Santa Croce e del Rosario. Sono esposti anche reperti archeologici del territorio.

Preziosa ed interessante è la stauroteca, reliquario della Vera Croce, composto di due parti: quella di sostegno, il piede dove appare uno stemma episcopale e la data 1631. la parte superiore cruciforme in stile barocco floreale con un'iscrizione recante la data 1730.